VPCのDHCPオプションセットの変更
VPCを作成すると、デフォルトでAmazonProvidedDNSのDHCPオプションセットが作成されます。
VPC内にDirectory Serviceを運用している際、VPC内のホストがDirectory ServiceのDNSを向くように変更します。
VPC内のインスタンスは指定されたDNSを参照し、名前解決できるようになります。
設定
VPCサービスより”DHCP オプションセット”をクリックして、「DHCP オプションセットを作成」ボタンをクリックします。

[タグ設定]:判別できる名称を指定
[ドメイン名]:ドメイン名を入力
[ドメインネームサーバ]:ドメインのDNSアドレスを入力します。

左メニューの”VPC”をクリックして、適用するVPCを選択し、アクションメニューより”DHCP オプションセットを編集”ボタンを押します。

先ほど作成したDHCPオプションを選択します。

確認
DNSが切り替わっているか確認します。(windowsであれば下記コマンド)
切り替わらない時は、一度再起動してみてください。
ipconfig /all